In Staffel 2 hinterlässt ein Krieg nur eine Handvoll hochqualifizierter Soldaten, die für die Zukunft der Menschheit kämpfen, während die Erde aufgrund eines unaufhaltsamen Klimakollaps zwei unterschiedliche Visionen für die Zukunft der Menschheit hat: Das Gemeinwesen und die Union. Das Gemeinwesen und die Union befanden sich weiterhin in einem brutalen und erbarmungslosen Krieg, als Pilot Julian Chase nach verheerenden Verletzungen in der Gestalt eines Holon-Kriegers von den Toten zurückkehrt, einer der wenigen Auserwählten, deren Geist mit dem Mech-Anzug-gen:LOCK-Programm kompatibel ist. Während Dr. Weller daran arbeitet, den gen:LOCK-Code zu knacken, ist es die Aufgabe eines Teams unerschrockener Gemeinwesen -Kämpfer, die autoritäre Union abzuwehren.