Con Mulder ancora disperso Scully, in coppia con l'agente speciale John Doggett, indaga su diversi casi X-Files. Doggett le presenta l'agente Monica Reyes, una specialista del crimine all'FBI. Mulder torna e apprende dell'esistenza dei Super Soldati, indomabili guerrieri alieni creati per colonizzare la Terra.