닌자 대전에서 실종된 사람들과 탈주 닌자들이 대량으로 모여들고 있는 침묵의 나라. 그곳에 잠입했던 사이로부터 불길한 보고를 받고, 시카마루는 상황을 알아보기 위해서 암부의 일원인 소쿠와 로우와 함께 침묵의 나라로 향한다. 하지만 세 사람의 앞에는 삼엄한 경비를 하고 있는 관문이 막아서고 있어서 쉽사리 마을로 들어갈 수가 없었다. 침묵의 나라의 내부 사정과 사이의 소식을 알아내기 위해서는 관문을 돌파해야만 하기 때문에, 세 사람은 힘을 합쳐 잠입을 시도한다.