패트리샤와의 전투에 고전하는 마도카와 호무라. 마녀의 부하가 마도카를 공격하려 하자 호무라는 시간을 멈추고 마도카를 돕기 위해 총을 겨눈다. 하지만 앞에 수수께끼의 소녀가 나타난다. 소녀를 보고 동요하면서 호무라의 시간 정지는 풀리게 된다. 마도카에게 마녀의 부하가 접근하는 위기의 순간에서 마도카를 구한 것은 카미하마에서 돌아온 사야카였다. 그리고 사야카는 마도카 일행에게 카미하마에서 있었던 마미와의 일, 그리고 '마법소녀의 진실'을 이야기하는데.