Op de eerste dag van het jaar 1995 verdwijnt een straaljager uitgerust met de nieuwe G-Reaction-motor, die buitengewone snelheden kan bereiken, op mysterieuze wijze nadat hij is geraakt door een krachtig licht. Vijf jaar later ontmoeten Billy Kimura en Penny Carter elkaar op een station waar een nieuwe bullet train met de G-Reaction-motor wordt geïntroduceerd. Tot algemene verbazing doet een lichtstraal de trein verdwijnen. Na een reeks soortgelijke gebeurtenissen realiseren de jongens zich dat het een buitenaardse invasie is die van plan is de aarde binnen te vallen. Gelukkig ontwikkelen wetenschappers de Sky Knight, een straaljager die de enige lijkt te zijn die in staat is om de vijand aan te vallen. De invasie lijkt aanstaande.